目前，
植物根系分析系統在作物生長發育、產量品質、光能利用等方面起著重要作用。通過對植物根系主側根的拓撲關系、連接關系及根尖部位顏色變化的分析，為研究根系形態與構造提供了依據。適用于農業、園藝、林業等有關植物的栽培、育種、比較與發展。為了提高測定數據的準確性，在植物根系分析系統的使用中，為了提高測定數據的準確性，需要注意以下幾個事項：
1、圖像的清晰度直接影響測量結果的準確性，由于是人眼識別圖象的所有根，因此根毛掃描是否清晰，根毛是否參與計算。
2、由于圖像中所有的根都是人工選擇的，因此鼠標開始和結束時可能產生誤差，從而影響測量精度。
3、根管埋設位置及埋設時間對測量結果有影響，埋設位置決定了具體研究根管的根管位置，所有根管是否剛好環繞根管；埋設時間是指根管周圍根的生長情況，掃描圖像是否清晰，直接影響測量結果。
4、根據掃描儀在根管內的平衡特性，正常使用時最好將根管埋入地面?？赡茉谝婚_始的時候看不出來，但如果儀器使用的時間長了，機械部件的受力已經不平衡了，那么掃描出來的圖像就會發生畸變，到時候測量就會出現誤差。
5、微根管安裝完畢后，應在微根管與土壤平衡后進行數據采集，時間長則數周，長則數月，長則一年。大量的研究表明，通常在7個月后開始采集圖像比較合適。
6、根據不同的環境條件和植物生長周期，采集數據的間隔時間為1周、2周至4周、6~16周。一般生長季每隔兩周采集一次圖像，冬季可降低采樣頻率或取消采樣。
